نمایش چهره حضرت ابوالفضل(ع)
نمایش چهره حضرت ابوالفضل(ع) از حاشیه‌سازترین بخش‌های «مختارنامه» بود. میرباقری در زمان فیلمبرداری سریالش بنا را بر نمایش بدون پوشش چهره حضرت ابوالفضل(ع) گذاشت اما با نزدیك شدن به روزهای پخش، نمایش این صحنه‌ها با اعتراض برخی از مراجع تقلید مواجه شد كه نشان دادن چهره حضرت ابوالفضل(ع) را جایز نمی‌دانستند. بر این اساس چهره‌ی حضرت ابوالفضل(ع) در صحنه‌های عاشورای «مختارنامه» طبق روال عادی نمایش شخصیت‌های مذهبی در تلویزیون ایران، با نور و مه همراه شد.
البته جنجال‌ها بر سر این موضوع تا مدتی قبل و پس از نمایش این صحنه‌ها نیز ادامه داشت و میرباقری كماكان اظهار امیدواری می‌كرد تا بتواند در قسمت‌های پایانی «مختارنامه»، چهره حضرت ابوالفضل(ع) را بدون پوشش نشان دهد؛ اما تلویزیون در نهایت تصمیم گرفت كه چهره‌ی حضرت ابوالفضل(ع) را در قسمت آخر «مختارنامه» نشان ندهند.

دكورهای احمدآباد مستوفی
چند ماه پیش بود كه هشدارها نسبت به بی‌تفاوتی به دكورهای عظیم سریال «مختارنامه» در احمدآباد مستوفی آغاز شد. این دكورها قرار بود تا خرداد ماه امسال در اختیار تیم تولید «مختارنامه» باشد و بعد از آن در اختیار صاحبان اصلی قرار گیرد تا تخریب شده و به شكل زمین كشاورزی برگردد.
هشدارهای تهیه‌كننده «مختارنامه» و سایر رسانه‌ها ادامه پیدا كرد تا این ‌كه معاون سیما به همراه جمعی از مدیران و معاونان این سازمان، خرداد ماه امسال راهی احمدآباد مستوفی شدند تا از دكورهای «مختارنامه» بازدید كنند. در نهایت نیز قرار بر این شد تا قرارداد زمین‌های احمدآباد به مدت سه ماه دیگر تمدید شود تا سازمان صداوسیما نظر قطعی خود را درباره خرید این دكورها اعلام كند.
ضمن اینكه در این مدت برخی از سیاسیون هم بر راه‌اندازی شهرك سینمایی در لوكیشن مختارنامه تاكید كردند. اما آخرین خبرها از شكایت صاحبان زمین از تهیه‌كننده مختارنامه و رفتن محمود فلاح به دادگاه حكایت دارد. قرار است نتایج دادگاه طی روزهای آتی اعلام شود. 

 نمایش صحنه‌های كربلا همزمان با عاشورا
یكی از نكات جالب «مختارنامه» كه برای مخاطبان ایرانی این سریال جذاب بود، پخش صحنه‌های مربوط به واقعه عاشورا همزمان با این روز بود. میرباقری كه در «مختارنامه» 50 دقیقه از كربلا را به تصویر كشیده بود، به فراخور داستان و فلاش‌بك‌ به گذشته، قصه برخی شخصیت‌هایی كه در كربلا حضور داشتند را روایت كرد؛ در روز عاشورا نیز صحنه‌هایی از كربلا در قالب مختارنامه پخش شد كه با استقبال مخاطبان این سریال مواجه شد.

خشونت‌های تصویری «مختارنامه»
مختارنامه با بهره‌گیری از تكنیك‌های جدید و جلوه‌های ویژه گریم عبدالله اسكندری، صحنه‌های بسیاری از كشته شدن قاتلان امام حسین(ع) خلق كرد. خشونت این صحنه‌ها كه تا قسمت آخر و كشته شدن مختار ادامه داشت، گاه به حدی بود كه شبكه اول نیز از طریق زیرنویس به مخاطبان خود اخطار می‌داد تا اگر مشكل قلبی دارند، برخی بخش‌ها را نبینند. هرچند نویسنده و كارگردان «مختارنامه» دائما تاكید داشتند كه خشونت جزئی از چیزی است كه ساخته‌اند و خشونت در برخی صحنه‌ها اجتناب‌ناپذیر بوده است. به علاوه آنها همواره اصرار داشتند خشونت‌های «مختارنامه» خیلی كمتر از آن چیزی است كه در واقعیت وجود داشته و آنها در واقع «مختارنامه»‌ را ملایم‌تر كرده‌اند.

 فریبرز عرب‌نیا و اعلام رقم دستمزدش
حضور فریبرز عرب‌نیا ـ بازیگر نقش مختار ـ در برنامه «هفت» و صحبت‌هایش درباره وضعیت سینمای ایران از دیگر نكات حاشیه‌یی «مختارنامه» بود. عرب‌نیا كه چند سال در هیچ برنامه‌ تلویزیونی حاضر نشده بود، در دو قسمت از «هفت» شركت و در پاسخ به سوالات فریدون جیر�