پدر خوانده ثروتمند خوزه، رییس باشگاه بزرگ فوتبال شهر «ستوبال» بود. خوزه از همان دوران کودکی در مدیریت و برنامه‌ریزی استاد بود و برنامه‌ بازی‌های تیم پدرش را ترتیب می‌داد.پس از پایان تحصیلات به مدرسه آمادگی جسمانی لیسبون رفت ولی مدتی بعد مادرش که از توانایی مدیریت او اطلاع داشت نام او را در مدرسه مدیریت ثبت‌نام کرد اما خوزه از آن مدرسه خوشش نیامد و دوباره در مدرسه آمادگی جسمانی شرکت کرد و پنج سال بعد از آن‌جا مدرک گرفت.

مورینیو دوره مربیگری خود را در اسکاتلند گذراند و سپس به پرتغال برگشت و مربی ورزش یک دبیرستان شد. او مدتی در باشگاه‌های کوچک و متوسط پرتغال بازی و در همان زمان تحصیل نیز می‌کرد. اما در زمینه بازی توفیق چندانی نیافت. در دهه نود مدتی را به مربی‌گری پرداخت و پس از آن با لقب «ترادیوتور» (مترجم) معروف شد چون مترجم یا مفسر «سر بابی رابسون در باشگاه‌های «اسپورتینگ» و «پورتو» بود. در سال ۱۹۹۶به همراه رابسون به بارسلونا رفت و همچنان مترجم او بود. پس از رفتن رابسون او همچنان در بارسلونا ماند و با جانشین هلندی رابسون یعنی «لوییس ون‌گال» کار کرد. مورینیو انسانی بی‌نهایت بااعتماد به نفس و باشخصیت بود و همین موضوع باعث شد پیشرفت چشمگیری کند. او در کلاس‌های مربیگری و مدیریت شرکت می‌کرد و ناگهان همه شنیدند که او مربی تیم دوم بارسلونا شده است.

رویای او برای سرمربی شدن سرانجام در سال ۲۰۰۰تحقق یافت و او مربی بنفیکا شد ولی با تغییر سرپرستی باشگاه و روی کار آمدن سرپرست جدید، مورینیو در تاریخ پنجم دسامبر ۲۰۰۰برکنار شد و مربی یک تیم سطح پایین شد.

در سال ۲۰۰۲مورینیو مربی باشگاه «پورتو» شد. باشگاهی که بسیار ضعیف کار می‌کرد در آن سال و تحت مربیگری مورینیو تیم سوم کشور شد و مورینیو قول داد سال آینده آن تیم را تیم اول سازد و خود تشکیل یک تیم قهرمانی بدهد و همین کار را هم کرد تا جایی که قهرمان جام باشگاه‌های اروپا شد. قبل از قبول پیشنهاد چلسی برای عنوان مربیگری آن تیم، مورینیو باشگاه لیورپول را که آن تیم هم خواستار این مربی بود ترجیح می‌داد و می‌گفت: «لیورپول تیمی است که علاقه همه را برمی‌انگیزد ولی من به چلسی علاقه چندانی ندارم چون چلسی یک پروژه جدید با سرمایه‌گذاری بالاست. فکر می‌کنم در چلسی اگر یک مربی برنده نشود، آبراموویچ فورا او را برکنار می‌کند. به همین دلیل کار در آن جا یک شغل مطمئن نیست.ولی سرانجام مورینیو در ژوئن سال ۲۰۰۴با حقوق سالانه ۲/۴میلیون یورو که در سال ۲۰۰۵به ۲/۵میلیون یورو افزایش یافت به باشگاه چلسی پیوست و عنوان گران‌ترین مربی فوتبال را به خود اختصاص داد.روز بیستم سپتامبر ۲۰۰۷و با موافقت دو جانبه، مورینیو باشگاه چلسی را ترک کرد. کمی قبل از ترک مورینیو باشگاه تشکیل جلسه داده و به این نتیجه رسیده بود که وقت آن است که مربی خود را تعویض کنند. این اقدام چلسی خشم هواداران این تیم را برانگیخت. فردای آن روز چلسی اعلام کرد «اورام گرنت» جایگزین مورینیو شده است. در طول چهار فصل حضور او در چلسی، او در هیچ یک از بازی‌های داخلی تیمش شکست نخورد.

خوزه مورینیو در سال ۲۰۰۸قراردادی را با تیم اینتر میلان منعقد کرده و سمت مربیگری این تیم را بر عهده گرفته است.و این تیم را در همه جام ها به قهرمانی رساند.همچنین درسال 2010 به رئال مادرید پیوسته است .